南京财经大学始建于1956年的粮食部南京粮食学校,是新中国自己创办的第一批粮食院校之一。1981年,南京粮食经济学院在原南京粮食学校的基础上建立。1993年,学校更名为南京经济学院。1999年,南京物资学校并入南京经济学院。2000年,南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并,组建成新的南京经济学院。2003年,经教育部批准,学校正式更名为南京财经大学。2011年,江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。2019年,国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议,全力支持学校事业发展。2021年,学校获批审核增列且需要加强建设的博士学位授予单位,获批江苏高水平大学建设高峰计划B类建设高校。2022年4月,“2022软科中国大学排名”正式发布,学校进入“2022软科中国财经类大学排名”前10。2022年8月,经国务院学位委员会批准,学校正式成为博士学位授予单位。