上海中医药大学是教育部与上海市人民政府共建高校,上海市重点建设的高水平大学,国家首批世界一流学科建设高校,世界一流中医药大学建设联盟、长三角医学教育联盟创始成员,上海市高水平地方高校建设试点单位,首批世界卫生组织传统医学合作中心,国际标准化组织中医药标准技术委员会秘书处所在地;入选国家“111计划”、卓越医生(中医)教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家“特色重点学科项目”、国家级大学生创新创业训练计划、新工科研究与实践项目、教育部人才培养模式创新实验区、国家理科基础研究和教学人才培养基地、国家大学生文化素质教育基地、中国政府奖学金来华留学生接收院校、上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。学校与上海市中医药研究院合署运行。